Dans le cadre du système d'imposition nette multi-phase, la déduction de la TVA présuppose logiquement la réception d'une prestation imposable par un destinataire assujetti à la TVA. L'octroi d'une déduction de l’impôt préalable pour les prestations une nouvelle fois refacturées – en l’espèce avec incidence sur l’impôt préalable – est toutefois exclu, dans la mesure où, en cas d’application de la méthode du taux de la dette fiscale nette, le taux de dette fiscale usuel de la branche considérée prend déjà en compte la quote-part d’impôt préalable déductible (cf. art. 37, al. 3, LTVA).
L’impôt préalable sur les prestations reçues par la société A. SA en 2014 et 2015 a donc été définitivement acquittée lors du paiement de la TVA au taux de la dette fiscale nette ces années-là et ne peut plus être réclamée en 2020, suite au passage à la méthode de décompte effective. Le droit à déduction de la TVA afférente aux prestations reçues par la société A. SA et relevant de la période de décompte au moyen du taux de la dette fiscale nette est ainsi considéré comme définitivement réglé du fait de l'application du taux de la dette fiscale nette (Arrêt du TF du 13 juillet 2026, réf. 9C_502/2025, consid. 5.1, 5.4).